UNIVERSIDAD POLITÉCNICA DE SINALOA
INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA
BIOINFORMÁTICA
Práctica No.5 Anotación de genomas procariotas con RAST.
INTRODUCCIÓN
RAST es una plataforma de anotación automática de genomas procariotas. RAST
permite explorar el ensamblado de un genoma detectando los genes y comparando
con bases de datos usando herramientas como BLAST. RAST utiliza Bidirectional
Best Hits (BBH) para anotar los genes. Esta técnica consiste en realizar una
búsqueda BLAST sobre una base de datos y con el Best Hit del resultado de la
búsqueda, realizar otra búsqueda BLAST pero esta vez sobre el genoma que se
desea anotar. Si la secuencia resultado de esta última búsqueda es la que usamos de
partida (usando criterios de corte sobre identidad de secuencia, cobertura, etc.)
entonces se dice que ambas secuencia cumplen con la relación de BBH. Si a esto se
le suma información de las posiciones relativas del resto de los genes cercanos a este
gen, se lo llama Pair Close Bidirectional Best Hit (PCBBH). Usando esta relación
ahora es posible predecir operones enteros. Así, RAST se da cuenta si nuestro
genoma, comparado con todos los otros que están anotados por RAST, presenta
genes faltantes
OBJETIVOS
Poner en práctica uno de los usos más fuertes de las herramientas bioinformáticas
para el análisis comparativo de secuencias: la anotación de genomas.
Material y equipo
- Laptop
- Acceso a internet
DESARROLLO
Registrarse en la pagina de RAST
Descargar un genoma (NO DEBE SER EL MISMO QUE OTRO COMPAÑERO)
de GenBank en formato .fasta
