Docsity
Inicia sesiónRegístrate
Docsity
Prepara tus exámenes
Prepara tus exámenes

Prepara tus exámenes y mejora tus resultados gracias a la gran cantidad de recursos disponibles en Docsity

Consigue puntos base para descargar
Consigue puntos base para descargar

Gana puntos ayudando a otros estudiantes o consíguelos activando un Plan Premium

Orientación Universidad
Orientación Universidad
Vende en Docsity
Vende en Docsity
Inicia sesiónRegístrate

Prepara tus exámenes

Prepara tus exámenes y mejora tus resultados gracias a la gran cantidad de recursos disponibles en Docsity

Busca documentos

Prepara tus exámenes con los documentos que comparten otros estudiantes como tú en Docsity

Busca documentos en el Store

Los mejores documentos en venta realizados por estudiantes que han terminado sus estudios

Video Cursos

Estudia con lecciones y exámenes resueltos basados en los programas académicos de las mejores universidades

Quiz

Responde a preguntas de exámenes reales y pon a prueba tu preparación

Busca entre todos los recursos para el estudio
Docsity AINEW

Resume tus documentos, hazles preguntas, conviértelos en quiz y mapas conceptuales

Ver preguntas

Despeja tus dudas leyendo las respuestas a las preguntas que realizaron otros estudiantes como tú

Consigue puntos base para descargar

Gana puntos ayudando a otros estudiantes o consíguelos activando un Plan Premium

Compartir documentos
download point icon20 Puntos

Por cada documento subido

Responde a las preguntas
download point icon5 Puntos

por cada respuesta dada (máx. 1 al día)

Todos los modos para conseguir puntos gratis
Consigue puntos de inmediato

Elige un plan Premium con todos los puntos que necesitas.

Oportunidades de estudio

Elige tu próximo programa de estudio

Ponte en contacto inmediatamente con las mejores universidades del mundo. Busca entre miles de universidades en todo el mundo. Busca entre miles de universidades partner oficiales

Comunidad

Pregúntale a la comunidad

Pide ayuda a la comunidad y resuelve tus dudas de estudio

Ranking de las universidades

Descubre las mejores universidades de tu país según los usuarios de Docsity

Ebooks gratuitos

¡Nuestros e-books salva-estudiantes!

Descarga nuestras guías gratuitas sobre técnicas de estudio, métodos para controlar la ansiedad y consejos para la tesis preparadas por los tutores de Docsity

Del blog

Actualidad
Becas y ayuda
Ve al blog

Práctica de Bioinformática y Diseño de Primers: Utilización de Gene Bank y Pick Primers, Guías, Proyectos, Investigaciones de Biología Molecular

Universidad del Valle de Atemajac (UNIVA) - GuadalajaraBiología Molecular

En este documento se detalla el proceso de identificación de secuencias de genes específicas y su homología utilizando la base de datos Gene Bank y el programa Pick Primers. Además, se explica el diseño de primers para la amplificación por Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) y sus requisitos. El documento también incluye el uso de la base de datos Gene Bank en NCBI y el programa Pick Primers para el diseño de primers.

Tipo: Guías, Proyectos, Investigaciones

2020/2021

Subido el 29/11/2021

nabid-ruiz
nabid-ruiz 🇲🇽

5

(1)

2 documentos

1 / 14

Toggle sidebar

Esta página no es visible en la vista previa

¡No te pierdas las partes importantes!

bg1
Romina Zamora Mata
0122120347
PRÁCTICA:
BIOINFORMÁTICA Y DISEÑO DE PRIMERS
INTRODUCCIÓN
La informática ha sido fundamental para lograr objetivos esenciales tales como el Proyecto del
Genoma Humano, en el cual fue de gran relevancia para guardar la información generada en bases
de datos de libre acceso y mejorar las herramientas de análisis y distribución de datos, teniendo en
cuenta los aspectos éticos y legales. Lo anterior resulta de la interacción de la informática con
diferentes disciplinas, surgiendo así, la informática médica, bioinformática, la informática
biomédica, y la bioinformática clínica, dando lugar a nuevas alternativas de diagnóstico e
investigación en el campo de las ciencias de Salud.
OBJETIVOS
OBJETIVO GENERAL
• Que el alumno identifique diferentes programas y bases de datos de Bioinfómatica y
reconozca su utilidad en las ciencias de la Salud.
OBJETIVOS PARTICULARES
• Conocer las bases de datos Gene Bank, Primer Blast y Pick Primer
• Saber buscar información y secuencias de genes específicos y homologar secuencias.
• Utilizar herramientas de bioinformática para diseño de primers para PCR.
ANTECEDENTES
• ¿Para qué sirvió el proyecto del genoma humano?
El Proyecto del genoma humano (PGH) fue un programa de investigación colaborativo e
internacional cuya meta era la del mapeo (cartografía) y entendimiento completo de todos
los genes de los seres humanos. Todos nuestros genes juntos se conocen como nuestro
"genoma".
• ¿Cuál es la importancia actual de la Bioinformática?
La bioinformática permite investigar, desarrollar y aplicar herramientas informáticas y
computacionales para permitir y mejorar el manejo de datos biológicos. Una de sus
aplicaciones es el manejo de la automatización de tecnologías diagnósticas.
• ¿Qué base de datos utilizarías para identificar el organismo al que pertenece una secuencia
de ADN?
BLAST en el NCBI
MATERIALES Y EQUIPO
• Computadora
• Internet
METODOLOGÍA
pf3
pf4
pf5
pf8
pf9
pfa
pfd
pfe

Vista previa parcial del texto

¡Descarga Práctica de Bioinformática y Diseño de Primers: Utilización de Gene Bank y Pick Primers y más Guías, Proyectos, Investigaciones en PDF de Biología Molecular solo en Docsity!

PRÁCTICA:

BIOINFORMÁTICA Y DISEÑO DE PRIMERS

INTRODUCCIÓN

La informática ha sido fundamental para lograr objetivos esenciales tales como el Proyecto del Genoma Humano, en el cual fue de gran relevancia para guardar la información generada en bases de datos de libre acceso y mejorar las herramientas de análisis y distribución de datos, teniendo en cuenta los aspectos éticos y legales. Lo anterior resulta de la interacción de la informática con diferentes disciplinas, surgiendo así, la informática médica, bioinformática, la informática biomédica, y la bioinformática clínica, dando lugar a nuevas alternativas de diagnóstico e investigación en el campo de las ciencias de Salud. OBJETIVOS OBJETIVO GENERAL

  • Que el alumno identifique diferentes programas y bases de datos de Bioinfómatica y reconozca su utilidad en las ciencias de la Salud. OBJETIVOS PARTICULARES
  • Conocer las bases de datos Gene Bank, Primer Blast y Pick Primer
  • Saber buscar información y secuencias de genes específicos y homologar secuencias.
  • Utilizar herramientas de bioinformática para diseño de primers para PCR. ANTECEDENTES
  • ¿Para qué sirvió el proyecto del genoma humano? El Proyecto del genoma humano (PGH) fue un programa de investigación colaborativo e internacional cuya meta era la del mapeo (cartografía) y entendimiento completo de todos los genes de los seres humanos. Todos nuestros genes juntos se conocen como nuestro "genoma".
  • ¿Cuál es la importancia actual de la Bioinformática? La bioinformática permite investigar, desarrollar y aplicar herramientas informáticas y computacionales para permitir y mejorar el manejo de datos biológicos. Una de sus aplicaciones es el manejo de la automatización de tecnologías diagnósticas.
  • ¿Qué base de datos utilizarías para identificar el organismo al que pertenece una secuencia de ADN? BLAST en el NCBI MATERIALES Y EQUIPO
  • Computadora
  • Internet METODOLOGÍA

Informática PROCEDIMIENTO

I. MANEJO DE GENE BANK EN NCBI.

  1. Ingresar a la página principal de PubMed: en el buscador poner la palabra PubMed y seleccionar la opción siguiente:
  2. Desplegará la siguiente página:
  1. Seleccionar la opción que tenga la secuencia completa, o en su defecto la que tenga mayor número de pares de bases los cuales se muestran en la parte inferior del título de cada de cada documento.
  2. En esta página muestra toda la información acerca del gen, vamos a seleccionar la opción FASTA para que nos muestre solamente la secuencia.
  1. Copiar la secuencia completa, seleccionando con el puntero y dando click derecho utilizar la opción de copiar y pegar en un archivo Word.
  1. Te genera la siguiente pantalla, bajarte con el cursor y seleccionar el cuadro de mostrar resultados en otra ventana y darle clik en el botón de Blast. Esperar a que genere los resultados.

Poner en la sección de resultados la quinta opción de homologación que les aparece, especificar el porcentaje de identidad y el número de acceso.

III. DISEÑO DE PRIMERS

1. Con la secuencia pegada en Word del gen humano de la hormona del crecimiento, trabajar el diseño de primers, de la siguiente manera. a) Seleccionar una secuencia del inicio del gen que tenga entre 18 y 22 pb. Este será nuestro primer FORWARD. b) La secuencia seleccionada debe terminar en G ó C, pero no tener más de tes juntas al final. c) El porcentaje de la suma de G+C debe estar entre 40 y 60%. d) La temperatura de alineamiento (Tmelting = Tm) debe estar entre 55 y 65°C, se calcula de la siguiente manera: Tm = 2(A+T) + 4 (C+G) e) Seleccionar otra secuencia del final del gen hacia la izquierda, siguiendo todos los lineamientos anteriores. Este será el primer REVERSE. f) La diferencia de temperaturas de alineamiento entre los dos primers, no debe exceder los 5°C. Todo lo anterior quedará especificado en la sección de Resultados, la secuencia del gen y el diseño de sus primers, especificando lo que se hizo en cada caso.

  1. Bajarte con el cursor hasta la sección en donde dice Get Primers, darle click y esperar el resultado.
  2. En la pantalla te aparecerá el estatus del proceso, tardará unos minutos en darte los resultados.
  3. Los resultados los mostrará de la siguiente manera:
  1. En la sección de resultados poner un par de primers que te parezca una buena opción y explicar por qué.

GAACCAAGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAATCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTC

TCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTTGTTGGGATTCCAGGCATGCATGACCAGGCTCAGCTAATTTTTGTTTTT

TTGGTAGAGACGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCCAACTCCTAATCTCAGGTGATCTACCCA

CCTTGGCCTCCCAAATTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACTGCTCCCTTCCCTGTCCTTCTGATTTTAA

AATAACTATACCAGCAGGAGGACGTCCAGACACAGCATAGGCTACCTGCCATGGCCCAACCGGTGGGACA

TTTGAGTTGCTTGCTTGGCACTGTCCTCTCATGCGTTGGGTCCACTCAGTAGATGCCTGTTGAATTC

Primer Forward

  1. Seleccionar un fragmento entre 18 y 22 pb
  2. Debe terminar en G o C, no más de tres juntas ATCTATTGGCTGTGCTTGGC Tamaño: 18pb
  3. La cantidad de G +C debe estar entre 40% y 60% G= C= A= T= G+C=10= 50% 4.Tm= [(T + A)2]+ [(G + C)4]= 20+40= 60°C 5.La temperatura de alineamiento debe estar entre 55 y 65 °C Primer Reverse GGATTCCAGGCATGCATGA Tamaño: 19 pb G= C= T= A= G+C= 52% Tm=(92)+(104)= 58°C La diferencia de Tm´s debe ser menor a 5°c= 2°c
    1. Pick Primers Me parecieron una buena opción porque cumplen con los requerimientos y están dentro de los rangos para ser buenos primers POST-LABORATORIO 1. ¿Cuál es la importancia de la Bioinformática en la medicina?

La bioinformática permite investigar, desarrollar y aplicar herramientas informáticas y computacionales para permitir y mejorar el manejo de datos biológicos. Una de sus aplicaciones es el manejo de la automatización de tecnologías diagnósticas.

2. ¿Cuál es la importancia del proyecto del genoma humano y qué relación tiene con la bioinformática? El valor del proyecto para descifrar el genoma humano consiste en posibilitar a los investigadores localizar, con precisión, los errores en los genes- las unidades más pequeñas de la herencia- que producen o contribuyen a la aparición de las enfermedades en los seres humanos. Y gracias a la bioinformática las investigaciones se realizan con mayor precisión y rapidez ya que todos los datos están guardados y son procesados. 3. Mencione un tema de investigación de su interés, en el cual se pudieran utilizar herramientas de bioinformática. Se puede relacionar con un tema de la actualidad ya que el labor en la investigación del #SARSCoV2 está siendo fundamental, facilitando cuestiones tan relevantes como la secuenciación del genoma del nuevo coronavirus y la automatización de test diagnósticos. BIBLIOGRAFÍA ¿Qué es la bioinformática y qué aplicaciones tiene en biomedicina? (2020, 30 julio). Ministerio de la ciencia y salud. Recuperado 23 de noviembre de 2021, de https://www.isciii.es/InformacionCiudadanos/DivulgacionCulturaCientifica/DivulgacionISCIII/Pa ginas/Divulgacion/Bioinformatica.aspx Bioinformatics at COMAV. (s. f.). Bases de datos biológicas — Bioinformatics at COMAV 0. documentation. Recuperado 23 de noviembre de 2021, de https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/bases_datos.html#:%7E:text=Refseq,y%20pro te%C3%ADnas%20mantenida%20y%20revisada. NIH. (2015, 13 octubre). Panorama General Del Proyecto Del Genoma Humano. Genome.Gov. Recuperado 23 de noviembre de 2021, de https://www.genome.gov/panorama-general-del- proyecto-del-genoma- humano#:%7E:text=El%20Proyecto%20del%20genoma%20humano%20(PGH)%20fue%20un% programa%20de,conocen%20como%20nuestro%20%22genoma%22.