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Primeros pasos con galaxy, Ejercicios de Bioinformática

Ayuda a familiarizarse con la interfaz de usuario de galaxy

Tipo: Ejercicios

2020/2021

Subido el 08/09/2021

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Tarea: Preguntas de repaso para la actividad “Primeros pasos con
Galaxy”.
¡Hola! En el ejercicio “Primero pasos con Galaxy” empezaste a familiarizarte con
algunas de las cosas que se pueden hacer con las herramientas de Galaxy. Por ejemplo, usaste
Get Data UCSC Main para tener acceso al navegador de genomas UCSC; usaste el navegador
UCSC para obtener el cromosoma 22 del ser humano , así como las posiciones de los SNPs y las
posiciones de ,los exones en la regiones codificantes de ese cromosoma; también usaste Operate
on Genomics Intervals Join para obtener la información de cuántos SNPs tenía cada exón:
Ya sabes usar Join, Subtract, and Group Group , Filter and Sort Sort , Text
Manipulation Select First, Text manipulation Cut para hacer operaciones con datos de
tablas y de archivos de texto. Y aprendiste a buscar la información sobre localizaciones
específicas de un genoma usando los diferentes tracks disponibles con el visualizador de
Genomas de UCSC.
Ahora, trata de usar todo eso para contestar estas preguntas:
1) ¿Cuál es el exón que tiene más SNPs de todo el genoma humano (no sólo del
cromosoma 22)?
2) ¿Qué gen tiene el exón más grande de todo el genoma humano? ¿Cuánto mide y
cuáles son las coordenadas de ese exón?
3) ¿Qué gen tiene el exón más pequeño de todo el genoma humano? ¿Cuánto mide y
cuáles son las coordenadas de ese exón?
¡Suerte!

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Tarea: Preguntas de repaso para la actividad “Primeros pasos con

Galaxy”.

¡Hola! En el ejercicio “Primero pasos con Galaxy” empezaste a familiarizarte con algunas de las cosas que se pueden hacer con las herramientas de Galaxy. Por ejemplo, usaste Get Data → UCSC Main para tener acceso al navegador de genomas UCSC; usaste el navegador UCSC para obtener el cromosoma 22 del ser humano , así como las posiciones de los SNPs y las posiciones de ,los exones en la regiones codificantes de ese cromosoma; también usaste Operate on Genomics Intervals → Join para obtener la información de cuántos SNPs tenía cada exón: Ya sabes usar Join, Subtract, and Group → Group , Filter and Sort → Sort , Text Manipulation → Select First , Text manipulation → Cut para hacer operaciones con datos de tablas y de archivos de texto. Y aprendiste a buscar la información sobre localizaciones específicas de un genoma usando los diferentes tracks disponibles con el visualizador de Genomas de UCSC. Ahora, trata de usar todo eso para contestar estas preguntas:

  1. ¿Cuál es el exón que tiene más SNPs de todo el genoma humano (no sólo del cromosoma 22)?
  2. ¿Qué gen tiene el exón más grande de todo el genoma humano? ¿Cuánto mide y cuáles son las coordenadas de ese exón?
  3. ¿Qué gen tiene el exón más pequeño de todo el genoma humano? ¿Cuánto mide y cuáles son las coordenadas de ese exón? ¡Suerte!