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Introducción a la biología molecular
Tipo: Monografías, Ensayos
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Dra. Laura Híjar Islas laura.hijari@anahuac.mx Temario
Evaluación Tareas 4 en blackboard 20% (5% cada una) Examen de medio término escrito (29 sept a 6 oct) 20% Examen parcial (noviembre) 20% Examen final en blackboard 60% Cubrir 80% de asistencia.
Es la ciencia que estudia el conjunto de los procesos químicos que ocurren en un organismo vivo.
El inhibidor compite con el sustrato por el sitio activo por tener estructuras químicas similares. Este tipo de inhibición reversible. (Lovastatina inhibe las síntesis del colesterol.)
Adrenalina induce ruptura de glucógeno. Aporta a los músculos glucosa instantánea para facilitar el trabajo muscular. Glucogenólisis. Cortisol promueve la producción de glucosa en el hígado a partir de aminoácidos. Requiere ATP. Gluconeogénesis. Glucólisis Vía de embden-meyerhof Finalidad: obtener piruvato y energía Combustible es D-glucosa. Constituye el núcleo central del metabolismo de los carbohidratos. Es un proceso exergónico y por tanto irreversible en la célula. Intervienen 10 enzimas localizadas en la porción soluble del citoplasma. Todos los intermediarios (todas las moléculas en la vía que no son el inicio o el producto) son compuestos fosforilados. o Los compuestos fosforilados ya no pueden salir de la célula. o Se asegura la síntesis de ATP. La glucolisis es sustancial para el buen funcionamiento del cerebro que utiliza glucosa como combustible. El cerebro consume 120 grs de glucosa al día, lo que equivale a casi 500 cal. La glucosa es esencial para los eritrocitos que carecen de mitocondrias. Por lo tanto toda su energía la obtiene de la glucólisis. En estas células siempre termina en lactato. También es especialmente importante para la contracción del músculo esquelético cuando el suministro de oxígeno es insuficiente (anoxia). La glucosa y el glucógeno se convierten en lactato. El musculo cardiaco, está adaptado a funcionamiento aeróbico, tiene actividad glucolítica baja.
Fase 1: la glucosa se rompe para formar dos moléculas de gliceralheido 3-P de 3 carbonos cada uno. Se consumen 2 moléculas de ATP. Fase 2: se producen dos moléculas de piruvato, 4 moléculas de ATP y 2 NADH (obtención de energía). Rendimiento neta: 2 ATP y 2 NADH.
Paso 1: Fosforilación de la glucosa. Hexoquinasa (1,2 y 3): Actúa sobre glucosa y otras hexosas (distribuidas en todos los tejidos). Son enzimas alostéricas. Hexoquinasa 4 (glucoquinasa): sólo actúa sobre la glucosa, se encuentra en el hígado, páncreas e hipotálamo y responde a concentraciones elevadas de glucosa sanguínea. Es la que se activa para que crear glucógeno. Es una reacción IRREVERSIBLE y requiere Mg+2^ como cofactor. Primer punto de control de la glucólisis pero no el más importante. Paso 2: isomeración de la glucosa 6-P La glucosa 6P se isomeriza a fructuosa 6P a través de la fosfohexosa isomerasa. Ambos azúcares fosforilados son isómeros estructurales entre sí. El grupo OH del carbono 1 de la fructuosa 6P está listo para la segunda fosforilación. Paso 3 (más importante): fosforilación de la fructosa 6P La fosfofructoquinasa (PFK1) es una enzima alostérica. Esta reacción es IRREVERSIBLE y requiere Mg+2^ como cofactor. Este es el punto de control más importante. La fructosa 1,6diP es ahora una molécula simétrica que está lista para romperse en 2 fragmentos de 3 carbonos cada uno. Una vez formado este compuesto la célula queda comprometida para glucólisis. Paso 4: ruptura de la fructosa1,6 diP
La aldolasa es una liasa que produce 2 fosfatos de triosa diferentes: una cetosa (DHAP) y una aldosa (GAP). Paso 5: obtención de 2 moleculas de gliceraldehído 3P. Es una reacción de isomerización. Isómeros estructurales, sólo el gliceraldeído 3P puede continuar a la fase 2 de glucólisis. Ahora ya hay 2 GA3P.
Paso 6: obtención de 1,3 difosfogliceraldehído. El gliceraldehído 3P se oxida y se fosforila a través de la enzima GA3P deshidrogenasa, con un fósforo inorgánico, al mismo tiempo: fosforilación oxidativa. Es una reacción reversible. El 1,3 difosfoglicerato contiene un enlace de alta energía que se utiliza en la siguiente reacción para sintetizar ATP. Se obtiene la coenzima reducida NADH gracias a los hidrógenos liberados del sustrato por la oxidación. Paso 7: obtención de 3-fosfoglicerato y ATP En esta reacción se transfiere el grupo fosfato del sustrato al ADP a través de la fosfoglicerata quinasa. La energía liberada de la reacción se conserva en forma de ATP. Se produce el primer ATP a nivel sustrato. Es IRREVERSIBLE. Paso 8: obtención de 2-fosfoglicerato Ocurre el cambio de posición del fosfato del C3 al C2. Las mutasas cambian grupos funcionales de un carbono a otro en una misma molécula. Paso 9: obtención de 2-fosfoenolpiruvato. La pérdida de agua en la molécula para dar lugar a un doble enlace de alta energía entre el C2 y C a través de la enzima enolasa. Paso 10: obtención de ATP a través de 2-fosfoenolpiruvato. Altamente exergónica e irreversible, la piruvato quinasa es una enzima alostérica y está sujeta a regulación covalente. Tercer punto de regulación y segundo en importancia. Segunda obtención de ATP. Substratos Glucosa + 8Mg+^ + K+^ + 2NAD+^ + 2 Pi + 2 ADP Productos 2 piruvatos + 2NADH + 2 ATP + 2H 2 O + H 2
En condiciones aeróbicas se va a AcetilCoA que se puede usar en síntesis de aminoácidos y de lípidos, también en ATP en la cadena respiratoria después de pasar por Ciclo de Krebs. En condiciones anaeróbicas producen lactato. (También en tumores cancerosos también se produce lactato y genera dolor sordo). Reducción de piruvato a lactato Ocurre en eritrocitos y en músculos en contracción a través de la enzima lactato deshidrogenasa :
Paso 1: hexoquinasa Moduladores positivo: el mismo sustrato, glucosa.
Periodos más largos de ayuno implican la necesidad de sistemas alternativos para obtener glucosa que no sean carbohidratos como el lactato, aminoácidos y el glicerol.
Ayuno hipoglucemia Dietas ricas en proteínas aumenta la concentración de aminoácidos glucogénicos en sangre. Ejercicio prolongado acumulación de lactato en el músculo y los eritrocitos cuando el glucógeno se agota. Estrés los aminoácidos glucogénicos se transforman en glucosa para cubrir las necesidades energéticas. Lipólisis cuando se usan triglicéridos almacenados en el tejido adiposo como fuente de energía. Los ácidos grasos se oxidan. El glicerol libre se transforma en glucosa. SE HACE AL MISMO TIEMPO QUE LA GLUCONEOGÉNESIS.
Hígado 90% Riñón e intestino delgado 10% La glucosa en sangre se reestablece los niveles normales para que sean aprovechados por cerebro, eritrocitos y músculo esquelético.
Es la ruta invertida de la glucólisis excepto por los puntos de control. Las reacciones inversas se realizan en GLUCONEOGÉNESIS por una serie de reacciones de rodeo o “bypass”, que al igual que su contraparte son irreversibles pero en contrario son endergónicas (consumen energía): Piruvato con la piruvato carboxilasa a oxalacetato y con la PEP carboxiquinasa a fosfoenolpiruvato. Fructuosa 1,6 diP mediante la fructuosa 1,6 bi fosfatasa a fructosa 6P Glucosa 6P mediante la glucosa 6 fosfatasa a glucosa.
a) Carboxilación del piruvato, consumiendo ATP. Se usa el carbono del CO 2 o del bicarbonato (que es CO 2 disuelto en agua). Se rompe el enlace para tener la energía suficiente y pegarle al piruvato el carbono mediante la piruvato carboxilasa. Esta enzima es alostérica y sólo se encuentra en la mitocondria. Se activa en presencia de (como modulador positivo) Acetil CoA y requiere biotina como grupo prostético para su actividad. b) Descarboxilación y fosforilación del oxalacetato, consumiendo GTP. Mediante la fosfoenolpiruvatocarboxiquinasa (PEPCK) que con un P del GTP fosforila al oxalacetato liberando un GDP y corta el carbono que tenía pegado los dos oxígenos y se libera CO 2. Esta primera reacción requiere la cooperación del citoplasma y de la mitocondria. (el oxalacetato no puede salir de la mitocondria).
De fructuosa 1,6 diP mediante a la fructosa 1,6 difosfatasa-1 (usando agua) que le quita un fósforo a la molécula formando fructuosa 6P. Finalmente se libera un Pi, no un ATP.
Conversión de glucosa 6P a glucosa mediante glucosa 6 fosfatasa. La glucosa 6-fosfatasa se encuentra en los hepatocitos, células renales y epitelio del intestino delgado pero NO en otros tejidos que por tanto son incapaces de suministrar glucosa a la sangre. Si otros tejidos tuviesen esta enzima se hidrolizaría la glucosa 6P intracelular necesaria para la glucólisis. Si hacemos glucosa desde piruvato se consumen 6 ATPs. Desde oxalacetato se consumen 4 ATPs. Cualquier metabolito que pueda ser convertido a piruvato o oxalacetato puede ser precursor de glucosa. Se excluyen de este grupo: ácidos grasos, Acetil CoA, lisina y leucina.
Sustratos: 2 piruvatos + 4 ATP + 2 gtp + 2 NADH + 4 H20 + (Mg) + Biotina P r o d u c t o s : 1 glucosa + 6Pi + 2NAD + 2 GDP + 4 ADP
El punto de control más importante es la piruvato carboxilasa. Moduladores positivos – acetil CoA Moduladores negativos – ADP El punto de control secundario es la fructuosa 1-6 difosfatasa. Moduladores positivos: ATP y citrato Moduladores negativos: Fructuosa 2,6 diFosfato y AMP. Siempre que la célula tenga un exceso de ATP, acetil CoA, citrato o NADH, la glucolisis es inhibida y la gluconeogénesis estimulada. La beta oxidación (lipólisis) proporciona acetil CoA, ATP y NADH, generalmente se realizan simultáneamente. Insulina Glucagón
***UDP=Uracilo+ribosa+ difosfato Síntesis Pasos:
Glucógeno sintasa requiere de un cebador (fragmento de glucógeno para iniciar la síntesis). Una proteína, glucogenina, cataliza la unión de la primera glucosa (UDP-glucosa) a un residuo de tirosina (Tyr) y la extensión de la cadena por la adición de unidades de glucosa (UDP-glucosa). En ese punto comienza la acción de la glucógeno sintasa y de la enzima ramificante. La molécula de glucogenina permanece unida a la molécula de glucógeno en su único extremo reductor. **Elemntos indispensables: UDP(activar glucosa) e insulina (glucógeno entre a sangre)
Fosfoglucomutasa La glucosa 1P es convertida en glucosa 6P por la acción de la enzima fosfoflucomutasa. Esta reacción es reversible. Hígado: la glucosa 6 fosfato es hidrolizada a glucosa para ser liberada al torrente sanguíneo (glucosa 6 fosfato). Es en hepatocito, la glucosa6fosfatasa le quita un P y lo libera al torrente sanguíneo. Músculo: la glucosa 6P se queda en el citosol para ser usada como fuente de energía mediante glucólisis. Regulación coordinada del metabolismo del glucógeno Enzimas clave en regulación del glucógeno La regulación del glucógeno tiene lugar a través de las enzimas: Glucógeno fosforilasa degradación Glucógeno sintetasa síntesis Se regula de manera independiente pero coordinada. Tipos de regulación Regulación hormonal: insulina, glucagón y adrenalina, desencadenan la regulación en cascada de síntesis o degradación. Regulación alostérica: las dos enzimas responden a niveles intracelulares de ciertos metabolitos: ATP. AMP, glucosa 6P y glucosa (negativo en hígado). Estimulación renal: la adrenalina estimula la liberación de Ca+2 para la contracción muscular y activa la glucogenólisis. Regulación hormonal El cAMP como mensajero para regulares la síntesis y degradación del glucógeno. El glucagón y la adrenalina estimulan a la adenilato ciclasa que convierte al ATP en cAMP. La insulina activa a la fosfodiesterasa para disminuir los niveles de cAMP al convertirlo a su forma no cíclica y de esta forma se opone a los efectos del glucagón y la adrenalina. El glucagon llega, se activa proteína g adelato ciclasa y cAMP Regulación alostérica Glucogénesis : se estimula la glucogénesis cuando la disponibilidad de glucosa 6P y los niveles de energía son altos (UTP). La glucosa 6P es modulador positivo de la glucógeno sintasa tanto en hígado como en músculo. Glucogenólisis: la glucosa 6P y el ATP son moduladores negativos de la glucógeno fosforilasa tanto en hígado como en músculo. La glucosa actúa como modulador negativo sólo en hígado. El AMP actúa como modulador positivo sólo en el músculo. Regulación por Ca+ Se libera adrenalina en respuesta a una necesidad de glucosa – en músculo con las contracciones y en hígado con estrés fisiológico. La adrenalina liberada dispara la salida de Ca+2 del retículo endoplasmático liso de miocitos y hepatocitos. El Ca se une a la proteína calmodulina (CaM) y el complejo activa la proteína quinasa (PK). Finalmente la PK activa a la glucógeno fosforilasa y entonces ocurre la glucogenolisis. Relación clínica – enfermedades del metabolismo del glucógeno Von Gierke defecto enzimático en glucosa 6 fosfatasa. En hígado, cantidad aumentada de glucógeno, no se degrada y ni se sentiza. Afecta a las vías: glucogenolisis y gluconeogénesis. Hepatomegalia masiva e hipoglucemia severa.
Pompe defecto enzimático en enzima desramificante. En músculo y corazón. Cantidad aumentada de glucógeno, se degrada parcialmente pero si se sigue sintetizando. Cardiomegalia con insuficiencia cardiaca y debilidad muscular. Cori deficiencia de enzima desramificante. En hígado y músculo. Cantidad aumentada de glucógeno, se degrada parcialmente pero si se sigue sintetizando. Hepatomegalia e insuficiencia hepática, hipoglucemia leve. Anderson defecto: deficiencia en enzima ramificante. En hígado. Cantidad normal de glucosa, ramas externas muy largas. Insuficiencia hepática progresiva. McArdle deficiencia en fosforilasa (glucógeno no se degrada). En músculo. Cantidad moderadamente aumentada de glucosa. Estructura normal. Intolerancia para hacer ejercicio. Hers deficiencia en fosforilasa (glucógeno no se degrada). En hígado. Cantidad de aumentada de glucosa. Estructura normal. Hepatomegalia y hipoglucemia. Tarui deficiencia fosfofructoquinasa (glucosa 6P). En músculo. Cantidad aumentada de glucosa, estructura normal. Intolerancia al ejercicio. SinNombre Hers fosforilasa quinasa (fosforila a la glucógeno fosforilasa para activarla). En hígado. Cantidad aumentada. No hay degradación de glucógeno. Hay hepatomegalia e hipoglucemia. Ciclo de Krebs Ciclo de los ácidos tricarboxílicos Función principal en el metabolismo El piruvato formado en la glucólisis en vez de ser reducido a lactato, sufre una oxidación mayor hasta CO 2 y H 2 O. A este proceso se le conoce como respiración celular. Durante el proceso, se obtiene ATP e intermediarios del anabolismo y catabolismo Se divide en 3 fases Primera fase: Buscar obtener una molécula de 2 átomos de carbono (acetilCoA) Segunda fase: el acetilo se incorpora con el oxalacetato para formar ácido cítrico, el cual es oxidado para dar CO 2. La energía liberada se conserva en forma de GTP, NADH y FADH2. Tercera fase: secuencia de reacciones de los electrones que dan la cadena respiratoria hasta obtener O 2 y para obtención de ATP. Obtención de Acetil CoA Descarboxilación oxidativa irreversible catalizado por el complejo multienzimático llamado piruvato deshidrogenasa , la PDH se encuentra en mitocondrias y usa 5 cofactores: COMPLEJO PIRUVATO DESHIDROGENSASA
Reacción 7: formación de L-malato. Reacción reversible llevada a cabo a través de la fumarasa que pega una molécula de agua al fumarato. Reacción 8: formación de oxaloacetato. Se forma NADH como resultado de la deshidrogenación (cadena respiratoria). Se hace a través de la malato deshidrogenasa .Esta enzima es la misma que se utiliza para lanzar el oxalacetato de la mitocondria al citosol. Nota: hay una malato deshidrogenasa citosólica. El OA no tiene tranportador en la membrana mitocondrial pero el malato sí. Conservación energética del TCA 2 CO 2 - por las reacciones de descarboxilación. 3 NADH 9 ATP 1 FADH 2 2 ATP 1 GTP 1 ATP 1 oxaloacetato (se regenera). Sólamente en TCA se obtienen 12 ATP´s Una molécula de glucosa que se oxida completamente vía glucólisis y TCA puede liberar 38 moléculas de ATP. Ciclo de Krebs en el anabolismo Es una vía anfibólica, sirve para procesos catabólicos y anabólicos. Oxidación (catabólicos): glucosa, ácidos grasos y aminoácidos Síntesis (anabólicos): aminoáciods, glúcidos y nucleótidos. Reacciónes anapleróticas: para reponer intermediarios del ciclo. Para anabolismo: Citrato síntesis de ácidos grasos y colesterol. Alpha-Cetoglutarato glutamato (neurotransmisor) que sirve para hacer nucleótidos purinas y aminoácidos (glutamina, prolina y argenina). Succinil CoA porfirinas y grupo hemo de eritrocitos. Oxaloacetato aspartato para hacer pirimidinas, para hacer PEP que puede llegar a glucosa y tirosina y triptofano (neurotransmisores). Reacciones anapleróticas
ADP (falta de energia) y Ca+^2 son activadores ATP y NADH son Inhibidores Complejo piruvato deshidrogenasa es el punto de regulación más importante a pesar de no estar en el ciclo, y es regulado por modificacón covalente a través de la insulina que activa las fosfatasas que desfosforilan al complejo y de forma alostérica. Cadena transportadora de electrones – fosforilación oxidativa Cadena transportadora de electrones Es el lugar donde se produce la reducción de O2 a H2O gracias a los electrones cedidos por el NADH y el FADH 2 , producto de todas las reacciones del catabolismo. La cadena respiratoria mitocondrial consta de una serie de transportadores electrónicos, que actúan secuencialemte y un orden específico. Los transportadores electrónicos son proteínas integrales con grupos prostéticos capaces de aceptar o donar uno o dos electrones. Fosforilación oxidativa El sistema mitocondrial aprovecha la energía electroquímica liberada de la cadena transportadora de electrones para sintetizar ATP. Todas las enzimas que interviene en estos dos procesos, se encuentran incrustadas en la membrana mitocondrial interna. Existe un 5to complejo llamado ATP sintasa. Se obtiene ADP + Pi = ATP2. Son procesos independientes realizados de forma acoplada. Complejos Centro 1: NADH deshidrogenasa (NADH Q [ubiquinona]). NADH cede sus electrones a FMN que cede sus electrones a la proteína ferrosulfurada que cede sus electrones a la ubiquinona. Centro 2: succinato deshidrogenasa (FADH2 Q). FADH2 cede sus electrones a la proteína ferrosulfurada que a su vez cede los electrones a la ubiquinona. Centro 3: ubiquino citocromo c oxidoreductasa (Q citocromo C). Ubiquinona cede electrones al citocromo b que cede a citocromo C1 que cede a citocromo C. Cuentan con grupo hemo.