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Un estudio sobre la secuenciación portátil de mycobacterium tuberculosis utilizando la plataforma ont, y su aplicabilidad para el análisis de resistencia a medicamentos y la reconstrucción filogenética. El estudio muestra que la plataforma ont es útil para la detección de variantes de resistencia bien establecidas, pero su alta tasa de error requiere una corrección híbrida con illumina. Además, se demuestra la posibilidad de incluir regiones genómicas adicionales en las canalizaciones de llamada de variantes, como el pe / ppe genes, y el uso de genomas de referencia específicos del linaje para mejorar la resolución de grupos de transmisión.
Tipo: Diapositivas
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TIRADO VALLADARES BLANCA GERMANIA
Portable sequencing of Mycobacterium tuberculosis for clinical and epidemiological applications
INTRODUCCION
OBJETIVOS
Estos aislados cubrieron los linajes 1 (L1: 1.1.2, n = 1; 1.1.3.2, n = 1), 2 (L2: Beijing 2.2.1, n = 3), 3 (L3: n = 4) y 4 ( L4: 4,9, n = 1). La secuenciación con la plataforma ONT produjo una mediana de 67 939 lecturas por muestra, con una mediana de longitud de lectura de 3806 pb. Datos de Illumina (mediana del número de lecturas: 1 687 571; longitud de lectura: 75–100 pb) se generaron para las mismas muestras El mapeo del genoma de referencia (H37Rv GCA_000195955.2) condujo a una alta profundidad de cobertura para todas las muestras (profundidad de cobertura promedio: Illumina 93,6 veces, ONT 72,2 veces) normalizada por cuatro genes domésticos ( gyrB , gyrA , rpoB y rpoC )
la mayoría de los genes muestran una mayor cobertura en los datos ONT. Los genes con cobertura normalizada < 0,1 tanto en Illumina como en ONT representan deleciones verdaderas. Los genes anotados (Rv0797 y Rv1765c) destacan dos casos en los que la cobertura fue mayor en los datos de Illumina debido a regiones repetitivas (secuencia de inserción y gran similitud de un gen eliminado que pertenece a RD152 a Rv2015c, respectivamente).
Los aislamientos están coloreados por linaje. El perfil de resistencia a los medicamentos obtenido mediante pruebas fenotípicas de susceptibilidad a los medicamentos se muestra en las etiquetas ( A ) El árbol filogenético revela un alto grado de concordancia y agrupación de réplicas secuenciadas usando plataformas ONT e Illumina, reconstruidas con 3955 SNP excluyendo regiones genómicas repetitivas
Árbol filogenético de muestras secuenciadas de ONT utilizando los 3955 SNP además de 568 sitios polimórficos más ubicados en genes pe / ppe , así como redes de transmisión para grupos de linaje L2 (S8 y S9) y L3 (S2, S3 y S4) con SNP distancias agregaron 568 SNP adicionales de alta calidad, lo que resultó en un SNP adicional dentro del grupo de transmisión de L2 (S8, S9) y cuatro SNP adicionales para L3 (S2, S3, S4), lo que aumentó ligeramente las diferencias obtenidas dentro de muestras muy similares
Cladograma que representa el orden de ramificación con longitudes de rama iguales para los 10 pares de aislamientos de Illumina y ONT (A) y solo los 10 aislamientos de ONT (B); INH = isoniazida, STR = estreptomicina.
ONT para la detección de variantes de resistencia a fármacos bien establecidas y la reconstrucción filogenética, con una aplicación potencial en el análisis de transmisión, ya que el proceso de llamada de variantes de SNP subyacente parece sólido. Sin embargo, debido a la alta tasa de error, Illumina sigue siendo la mejor opción para el análisis de indel pequeño, lo que sugiere que para su estudio preciso con datos ONT, se justifica un enfoque de corrección híbrido.
